博物館的建築採用中國傳統四合院佈局，並會糅合現代建築技巧。整座建築物樓高五層，以中軸線為中心，左右對稱平衡。館內設有十二個不同主題的展覽廳：
一. 視聽導賞廳
將會播放一套以「活的文化傳統」為主題的短片。
二. 新界文物館
一間介紹新界歷史的長期展覽館，展出有關新界的歷史發展，並以專題形式介紹；更設有學習區。
三. 粵劇文物館
一間介紹香港粵劇歷史及表演的長期展覽館。
四. 兒童探知館
一間特別為兒童及其家庭而設的展覽館，內設多種可供觸摸及互動展品。開幕展覽的主題為香港自然和人類歷史，並附設有「香港玩具故事」的展覽。
五. 徐展堂中國藝術館
展覽館展示徐展堂博士捐贈的珍貴中國藝術品，以及其他博物館和收藏家借出的珍貴中國文物。
六. 趙少昂藝術館
展覽館以趙少昂教授命名，展出趙教授的作品，或當代藝術大師的作品。
七. 香港當代藝術及設計館
展覽館特別為展示香港當代藝術及設計的成就而設。開幕展覽的主題為「香港數碼藝術」。
八. 香港社區藝術館
展覽館展出非專業藝術家，如學生、弱能人士及長者的藝術創作。開幕展覽的主題為「邁向廿一世紀」，展出學生的作品。
九. 中國文化館
展覽館展出由其他博物館借出的藝術品。
十. 專題展覽館（一）
短期展覽館會展出以歷史為題的展覽，開幕展覽的主題為「中國傳統木板印刷的藝術」。
十一. 專題展覽館（二）
短期展覽館會展出以歷史為題的展覽。開幕展覽的主題為「香港漫畫世界」。
十二. 專題展覽館（三）
短期展覽館會展出以藝術及設計為題的展覽。
香港文化博物館涵蓋了建築美學、歷史人物及文化藝術等各範疇。它將肩負保存香港文化遺產及培養市民歸屬感的使命。同時，它為市民、師生提供了一個富有教育意義和娛樂價值的好去處。